Научно-исследовательский институт операционных систем был основан в 1993 году по решению Государственного комитета по высшему образован Российской Федерации. На сегодняшний день он является одной из ведущих научно-исследовательских организаций в области информационных технологий (технологии открытых систем UNIX-технологии, автоматизированная разработка программного обеспечения, объектно-ориентированное проектирование и программирование).

Основная деятельность ФГУП «ГосНИИ ОС» основана на выполнении задач в соответствии с Уставом, утвержденным приказом Федерального агентства по науке и инновациям от 25 марта 2005 г. № 39, и включает в себя следующие направления:

• проведение научно-исследовательских, опытно-конструкторских, технологических, проектных и производственных работ по созданию научно-технической продукции и реализация инновационных проектов в области технологий информационного общества, в том числе в рамках международных, федеральных и других научно-технических, образовательных и инновационных программ;
• создание и реализация системного и прикладного программного обеспечения, специализированных банков данных и других программно-информационных продуктов;
• организация и проведение независимой экспертизы и сертификации информационных технологий и услуг, радиоэлектронных систем и приборов средств вычислительной техники и программных продуктов, учебно-методических комплексов, технических и коммерческих предложений, в том числе от зарубежных фирм;
• участие в разработке и в сопровождении международных, федеральных и других научно-технических, образовательных и инновационных программ;
• выполнение в установленном порядке функций национального контактного центра по международным научно-техническим программам (National Contact Point), организация и обеспечение участия российских научных организаций и предприятий в выполнении международных проектов;
• организация и осуществление экспорта и импорта наукоемкой продукции, товаров и услуг, содействие продвижению наукоемкой продукции, товаров и услуг на российский и международный рынки;
• информационно-аналитическое обеспечение федеральных и региональных органов исполнительной власти, российских и зарубежных организаций и предприятий;
• подготовка научных кадров через аспирантуру ФГУП «ГосНИИ ОС», проведение на специализированном совете защиты кандидатских диссертаций по специальностям, соответствующим предмету деятельности Предприятия;
• осуществление в установленном порядке профессиональной переподготовки и повышения квалификации научных, инженерных и педагогических кадров системы образования, науки и промышленности, включая организацию стажировок и обмена специалистами с зарубежными партнерами;
• участие в организации и осуществлении учебного процесс; образовательных учреждений, создание современных учебно-производственных центров;
• разработка и реализация обучающих программ на основе мультимедийных и других современных технологий;
• проведение аналитических и маркетинговых исследований;
• выполнение работ и оказание юридическим и физическим лицам консалтинговых, юридических, информационных, агентских и иных услуг в сфере науки, техники, технологий, образования и международного научно-технического сотрудничества, в том числе, по вопросам охраны авторских прав, и прав на результаты интеллектуальной деятельности, внедрения и коммерциализации наукоемкой продукции и услуг, направленных на реализацию уставной деятельности ФГУП «ГосНИИ ОС»;
• осуществление редакционно-издательской деятельности, подготовка, издание и реализация информационно-аналитических документов, научно-технической и учебной литературы;
• осуществление рекламной деятельности;
• организация и проведение информационной и выставочной работы - международных конференций и выставок, в том числе за рубежом.

В рамках европейского проекта SYTIC на базе института работает Национальный Межуниверситетский Центр по Проектированию и Информатике.