Важным направлением в деятельности института является развитие программных систем и решений на базе открытого кода. В первую очередь институт занимается исследованиями в области развития операционных систем. В то же время их нельзя рассматривать в отрыве от прикладного программного обеспечения. В последние годы большое внимание уделяется решениям на базе открытого кода. Программное обеспечение, разработанное с применением этой концепции, находит все большее применение в государственных структурах и коммерческих организациях.

Применение ПО с открытым кодом предоставит возможность вендорам и конечным пользователям снизить общие затраты и повысить окупаемость инвестиций. Игнорирование возможностей такого рода ставит компанию в невыгодное положение в борьбе с конкурентами, которые в полной мере используют преимущества открытого кода.

Несмотря на то, что открытое ПО подчас показывает большую эффективность с финансовой точки зрения, более безопасно и в некоторых случаях обладает большим набором функциональных возможностей, при его внедрении могут возникнуть определенные сложности. Наиболее распространенная проблема, связанная с open source — это возможная несовместимость его с лицензионным ПО, которое поставляется в комплекте с оборудованием, а также возникновение системных сбоев как следствия несовместимости. Это особо актуально для фирм, занимающихся аутсорсингом и корпоративными решениями. Одной из приоритетных задач ФГУП ГосНИИ ОС является исследование и поэтапное решение этого вопроса через повышение уровня совместимости операционных систем и прикладного ПО.

Во второй половине 2008 года в институте начаты два проекта, целью которых является решение описанных выше задач. Главной задачей на данном этапе выбрано повышение интероперабельности операционных систем.

Проектом предполагается модификация дистрибутива операционной системы семейства Linux под нужды крупных российских промышленных предприятий, в том числе и энергетического сектора. Активная фаза работ над проектом была начата в сентябре 2008 года.

Проект SWAT является проектом с открытым исходным кодом и предполагает работы по усовершенствованию подсистемы удаленного администрирования операциных систем семейства Linux. Работы над проектом начаты в октябре 2008 года.